Короткий час панував у Віттемберзі спокій, бо незабаром зірвалася нова хуртовина, і була нею селянська війна. Тоді в Німеччині переважна частина населення жила під панщиною. Доля цих людей була дуже сумна, бо не визна- валося ніяких їхніх прав, ані не давалося жодних полегшень. Коли ж вони довідалися про нову науку реформації і про євангельську свободу, то думали, що для них настала година визволення.

Ці настрої використав "цвікауський пророк" Томас Мюнцер і став на чолі селянського руху. В 1524 році селяни запропонували шляхті 12 статей, в яких домагалися головним чином того, щоб кожна парафія мала право вибирати собі душпастиря та щоб полегшено їхню недолю, яка настала внаслідок надмірних податків і панщини.

Лютер глибоко співчував недолі народу, тому обом сторонам (шляхті і селянам) говорив щиру правду в вічі. Обидві сторони закликав до згоди і лагідності, доводячи панам, що вони самі дають причину до повстання своєю суворою поведінкою щодо підданих, тому вони повинні поступитися селянам і полегшити їхню долю: "Пробуйте чинити лагідно, бо не знаєте, що саме задумує Бог! Уважайте, щоб з малої іскорки не повстав такий широкий вогонь, як ціла Німеччина, а тоді його ніхто не зможе погасити. В числі їхніх 12 статей є деякі дуже слушні й справедливі." А селянам нагадував Лютер, щоби своїх прав домагалися вони не дорогою ворохобні, душогубств і підпалів, а тільки мирним шляхом. Він остерігав їх, щоби не вірили фальшивим пророкам, бо"християни не борються рушницею і мечем, а терпіннями й хрестом, як колись боровся їхній вождь, Ісус Христос." Коли ж перестороги і нагадування не допомагали, гострими словами сварив одних і других, але також і це не допомагало.

Селяни в усьому слухалися Мюнцера, який закликав їх до збройного повстання. Він заохочував їх такими словами: "З нами Бог! Хто з вас у битві поляже у перших лавах, той знов встане живий позаду тих, які борються. Не бійтеся нічого! Я в плащ половлю всі ворожі кулі!" Підбурені селянські маси палили панські двори і замки, грабували монастирі і під проводом Мюнцера готувалися до збройної розправи над панами. Також пани зорганізувалися в армію. Таким чином розгорілася в Німеччині громадянська війна. До вирішальної битви дійшло коло Франкенгавзена. Мюнцер, котрий також був великим хвальком, у битві виявився кепським вояком і полководцем, бо битва скінчилася повним розгромом його величезної повстанської армії, а сам він потрапив у полон.

В цій громадянській війні загинуло приблизно 150 000 людей. Вона дала світові наочний доказ того, що реформація це не революція. Революція походить знизу, а реформація згори, від Господа. Революційне повстання скінчилося сумним розгромом, в той час, коли реформація далі ширилася в Німеччині й поза її межами та в кінці принесла перемогу.