Незабаром проти Лютерового товариша, проф. Карлштатдта, виступив професор Йоганн Екк з Інгольштадту, викликаючи його до привселюдного диспуту до Липська. Насправді підступний Екк розраховував на те, щоб до цього диспуту втягнути і побороти самого М. Лютера, тому він проголосив 13 тез, які більше стосувалися самого Лютера як Карлштадта. Таким чином, зачеплений М. Лютер зажадав, щоб його самого допущено до цього диспуту, на якому мали бути обговорювані головним чином справи відпустів і папської влади.

Під час диспуту в Липську проф. Екк одразу старався побороти М. Лютера доказами зі Св. Письма. Коли ж це йому не вдалося, він схопився за інший засіб, почав М. Лютерові по штубацьки закидати, що він є прихильником науки Гуса. На це відповів Лютер, що між науковими працями Я. Гуса деякі є глибоко християнські, як наприклад ця стаття, що "існує тільки одна вселенська Церква" та що "віра у верховну владу римської Церкви не конче потрібна для спасіння душі" "Мені, - сказав Лютер, - все одно, чи сказав Гус чи Вікліф, досить того, що це правда...”

Липський диспут закінчився 15 липня 1519 р. Для справи реформації мав він величезне значення, бо під час нього Лютер здобув собі багато щирих приятелів, головним чином з поміж присутніх богословів. В Липську зміцнилися дружні взаємини між Лютером і професором богослов'я Меланхтоном до такої міри, що цей відтоді став найдіяльнішим помічником Лютера й невтомним поширювачем реформації.

Після диспуту в Липську М. Лютер написав три наукові твори, які мали переломне значення, а саме: 1) "Відозва до християнської шляхти німецької нації про поправу християнського стану", 2) "Про вавилонську неволю Церкви" й 3) "Про християнську свободу".

У "Відозві до християнської шляхти", яка починається словами "Час мовчати вже проминув, тепер прийшов час говорити", М. Лютер вказує на потрійний мур, яким оточилися папи і завзято борються проти будь якої реформи Церкви зі шкодою для усього християнства. Цим потрійним муром є три такі їхні твердження: 1) Світська влада не має нічого висловлювати проти, бо духовна влада стоїть над світською; 2) Ніхто не може пояснювати Св. Письма, тільки папа; 3) Ніхто не може скликати церковних соборів, тільки папа.

На перше папське твердження відповідає Лютер, що кожна людина стає священиком через хрищення, Євангеліє і віру. Світська християнська влада має виконувати свій обов’язок щодо кожного без різниці, чи це буде світська особа, чи духовна, чи навіть сам папа. Хто провинився, нехай відповідає! Друге твердження, а саме, що тільки папа може непомильно пояснювати Св. Письмо то воно, на думку Лютера, ще слабше, бо з науки про минувшину (з історії) знаємо, що папи часто помилялися. Якби папське твердження було правдивим, то для чого в нас тоді є Св. Письмо? Спалімо Біблію і задовольнімося римською наукою! А третій мур - доказує Лютер - сам по собі розпадається, бо апостольського Собору в Єрусалимі не скликав Петро, нікейського Собору не скликав папа, а тільки цар Костянтин. Коли папа чинить всупереч Св. Письму, треба йому докорити, бо так говорить Господь Христос "Коли провиниться твій брат, докори йому" (Луки 17:3).

В книжці "Про вавилонську неволю Церкви", яка є радше теологічним твором, Лютер розбирає науку католицької церкви про сім таїнств і доводить, що тільки Хрищення і Господню Вечерю запровадив Христос отже тільки вони є Таїнствами, а Миропомазання, Покаяння, Одруження, Єлеопомазання і Священство не є таїнствами, бо ані Ісус Христос їх не запровадив, ані нема про це згадки в Св. Письмі. Отже, вони є людськими запровадженнями. Цю свою книжку закінчує Лютер словами "Доповідають мені, що папа готує свіжі булли й прокляття на мене, та наполягають, щоб я відкликав свою науку, або стану єретиком. Коли це правда, то маю бажання, щоб ця моя книжка була частиною мого майбутнього відкликання, щоб вони не нарікали, що їхнє тиранство було даремним. Незабаром при помочі Христовій, я проголошу такий відклик, якого Рим досі ще ніколи не бачив і не чув. Таким чином дам багате свідоцтво мого послуху Імені Господа нашого Ісуса Христа. Амінь”.

У третій своїй книжці "Про християнську свободу", що є цінною перлиною в творах М. Лютера, він домагається християнської свободи, яка є свободою в Христі, а не вільною втечею від Христа. Головні думки, розвинені в цій книжці, такі: 1) на підставі віри християнин є паном усього й нікому не підлеглий; 2) на підставі любові він є слугою всіх і підлеглий кожному. Віра й любов складають християнина, перша веде до Бога, а друга до ближнього.

Ці Лютерові твори страшно роздратували його противників. Професор Екк звернувся насамперед до електора Фридриха, щоб цей наказав спалити Лютерові твори, а відтак поїхав до Риму і докладав усіх старань, щоб було виклято Лютера і всіх його прихильників. Його заходи не були без успіху. Папа буллою "Встань Боже, суди справу Твою!" кинув на Лютера клятву 16 червня 1520 року і усі його твори засудив на спалення. У цій буллі закликається до усіх князів, урядників і міщан, погрожуючи відлученням від церкви і обіцяючи нагороду, щоб спіймали Лютера та його прихильників і віддали їх в папські руки. Оповіщення і виконання постанов булли доручено Еккові і двом італійським прелатам.

В тріумфальному настрої повертався Екк до Німеччини, бо сподівався, що аж тепер помститься Лютерові за поразку, якої зазнав під час липського диспуту. Правда, в деяких містах проголошено буллу, а по її проголошенні попалено книжки Лютера. Але в самому Липську, де за рік до того відбувся диспут, студенти до такої міри почали зневажати Екка, що він мусив рятуватися втечею до монастиря. Дня 3-го жовтня 1520 року наспіла від Екка папська булла також до університету в Віттемберзі, де далі викладав М. Лютер, на які збиралися студенти числом до півтори тисячі осіб(!). Але тут ніхто не хотів й слухати про виконання папських вимог стосовно особи Лютера.

Що більше, Лютер добре приготувався на прийняття папської булли. Він написав два нові сильні твори: 1) "Про нові Еккові брехні й про булли" та 2) "Проти булли антихриста". Мало цього! Щоби світові явно показати, що він назавжди пориває з католицькою Церквою, Лютер вивісив на університетській таблиці оголошення, що 10-го грудня, о 9-тій годині ранку, спалить буллу й усі папські декрети. Цим актом хотів він показати, що й він навчився палити книжки, та що це не буде для нього дуже важкою справою; за вогонь віддавав вогонь, а за клятву віддавав клятвою.

Рано 10-го грудня 1520 року, за міською брамою (яка називається Ельстерською) на величезній площі зібралась маса народу, студенти університету, доктори й магістри. Коли було розпалено уставлений на площі стос дерева, Лютер кинув у вогонь папські декрети, канонічний закон і папську буллу, що відлучала його від Церкви, при чому урочисто промовив: "Коли ти засмутила Святого Господнього (тобто Ісуса Христа), нехай же тебе засмутить і пожере вогонь вічний Хвилину панувала глибока мовчанка. Далі з тисячей грудей залунав могутній оклик радості і багатотисячний натовп людей разом із сміливим реформатором на чолі повернувся до міста, відчуваючи, що в цій урочистій хвилині діло реформації сталося доконаним фактом.

Через диспут в Липську Лютер внутрішньо відірвався від папства, а спаленням папської булли прилюдно проголосив, що назавжди пориває з папою і Римо- Католицькою Церквою.